いくつか方法があると思うのですが、とりあえず思いつく3つの方法を
ベースフォルダをマクロベースとして起動するには/mbオプションの後に-fs1オプションをつけます。
とりあえずこれでマクロベースとして起動し、マクロフォルダを作ってから普通のベースフォルダとして起動すれば、作ったマクロフォルダはマクロフォルダとして使えます。
そのままです。
マクロベースでマクロフォルダを作り、フォルダのプロパティで実ファイル名を調べ、cfgファイルとmbxファイルを使いたいベースフォルダのmb_dirフォルダにでもコピーすれば、マクロフォルダがベースフォルダに追加されます。
マクロフォルダにしたいフォルダのcfgファイルを開き、class:ヘッダの値を"<.2000000000.0.0.38>"に書き変えます。
その後、cfgファイルを読み直すような動作(一度別のフォルダに移動してから、該当フォルダへ移動等。まぁベースフォルダを起動し直すのが良いでしょうが)をすれば、マクロフォルダとして使えるようになります。